Laboratorium Karantina Hewan BKP Kelas II Tanjungpinang telah diakui kompetensinya sebagai LABORATORIUM PENGUJI oleh Komite Akreditasi Nasional dengan diterbitkannya Sertifikat Akreditasi Nomor : LP-1031-IDN pada tanggal 24 Agustus 2016 dan diamandemen menjadi LP-1031-IDN (Amd)* pada tanggal 08 Januari 2019. Hal ini merupakan bukti pengukuhan bahwa Standar Operasional Prosedur (SOP) yang diterapkan oleh Laboratorium Karantina Hewan BKP Kelas II Tanjungpinang telah memenuhi SNI ISO/IEC 17025:2017 (ISO/IEC 17025:2017) tentang Persyaratan Umum Untuk Kompetensi Laboratorium Pengujian dan Laboratorium Kalibrasi.